- r -

• R : amberaprepinfo , atype
• r : assignment , molecule , assembly , molindex , types , queery_set , vibmode , ensindex , pdb_line , molecule_tree_index
• RA : vibmode
• radii : sander_pmemd_command_line
• rb : residue
• rbA : ringassign
• rba : ringassign
• rbae : ringassign
• rbAe : ringassign
• rbs : ringassign , molecule
• rbse : ringassign
• RC : dockinfo
• rc : residue , molecule
• RD : atype
• re : vibmode
• refc : sander_pmemd_command_line
• REQ : amber_prmtop
• RESIDUE_LIST : EE_TI_CHANGE_INFO
• restraint_wt : sander_pmemd_cntrl
• restraintmask : sander_pmemd_cntrl
• restrt : sander_pmemd_command_line
• ri : molecule_tree_index , moiety_selection
• ring : residue
• RingDesc : ringmotion
• RK : amber_prmtop
• rk : assignment
• rke : assignment
• rN : moiety_selection
• rn : moiety_selection
• roa : ringassign
• roA : ringassign
• roae : ringassign
• roAe : ringassign
• ros : ringassign
• rose : ringassign
• rp : residue
• rpA : ringassign
• rpa : ringassign
• rpae : ringassign
• rpAe : ringassign
• rps : ringassign
• rpse : ringassign
• RRmag : vibmode
• RS : chirality_description
• rso : ringassign
• rsoe : ringassign
• rstdip : sander_pmemd_command_line
• rT : molecule
• RT : parameter_set
• rT : assembly
• rTi : atom
• rv : vibmode