- a -

• add() : geometry.h
• add_assembly_to_ensemble() : molecules.h , add_structure-X_to_structure-Y.c
• add_coord() : geometries.h , add_coord.c
• add_to_moiety_selection() : add_to_moiety_selection.c
• add_trajcrds_to_prmtop_assembly() : add_trajcrds_to_prmtop_assembly.c , amber_prmtop.h
• add_vec() : geometries.h , add_vec.c
• amber_prmtop_init() : amber_prmtop.h , amber_prmtop_init.c
• apply_rotation_matrix() : geometry.h
• apply_rotation_matrix_to_coord_p() : rotations.c , rotation.c , geometries.h
• atoms_to_coord_list() : atoms_to_coord_list.c , molecules.h
• ATYPE_init() : molecules.h , ATYPE_init.c